审计署农业与资源环保审计司多年来从促进环境污染防治、生态建设等多方面入手，在全国范围内组织实施了青藏铁路环境保护工程资金等26个重大项目环境审计和审计调查，在促进国家资源环保政策的贯彻落实、维护国家财经法纪、提高资金使用效益、保障环境安全等方面发挥了积极作用，充分发挥了环境审计保障国家经济社会健康运行的“免疫系统”功能。

　　据不完全统计，2003年以来，该司组织开展的环境审计项目查出违法违规资金268.5亿元，保证了国家环境专项资金管理使用安全和完整；“十一五”期间，促进12个省人民政府关停或拆除小火电机组49.25万千瓦，炼钢产能1415.2万吨，淘汰或已列入计划准备淘汰落后水泥产能690.15万吨，卓有成效地推动了行业和地区产业结构调整。这些成效为我国的节能减排目标的实现发挥了重要的作用。